Ihr sehr flexibler und sanft klingender Mezzosopran scheint wie gemacht für die Musik des Barock, weswegen die Sängerin wohl auch immer wieder zu diesem Repertoire zurückkehrt. Doch man kann Magdalena Kožená keinesfalls nur auf dieses Genre beschränken, da sie problemlos auch moderne Stücke von Ravel und Mahler, wie beispielsweise „Des Knaben Wunderhorn“, interpretiert. Mit ihrem Ehemann Sir Simon Rattle führte sie unter anderem Werke von Mozart, Bach und Dvořák in einer unvergleichlichen Weise auf, was wohl durchaus einer der Vorteile ist, einen großen Meister wie ihn als Ehemann zu haben.