Natürlich spielt Jean-Guihen Queyras Werke großer Komponisten der Klassik wie Haydn und Beethoven, und er beweist auch viel Liebe zur Kammermusik von Komponisten wie Schubert. Auffällig aber ist besonders sein Interesse daran, seinen Zuhörern auch neue Werke moderner und weniger populärer Komponisten zu präsentieren. So nahm er unter anderem ein Album mit Sonaten der ungarischen Komponisten György Kurtág, Zoltán Kodály und Sándor Veress auf, und arbeitet mit Komponisten für Auftragswerke zusammen, so zum Beispiel bei einem Konzert von Bruno Mantovani.